مایکونازول در درمان کاندیدیاز جلدی و مهبلی-فرجی ناشی از کاندیدا آلبیکنس و سایر گونه‌های کاندیدا، درمان کچلی بدن، کشاله ران و پا ناشی از ترکوفیتون روبروم، تریکوفیتون منتاگروفیس و اپیدرموفیتون فلکوزوم، درمان تینه آورسیکالر ناشی از مالاسزیا فورفور و درمان کچلی سر، ریش و پارونشیا مصرف می‌شود.

مایکونازول یک ایمیدازول متوقف ‌کننده رشد قارچ است که با توجه به غلظت ممکن است باعث مرگ قارچ نیز گرددد. دارو بیوسنتز ارگوسترول یا سایر استرول‌ها را مهار می‌کند وباعث ایجاد آسیب در غشاء سلولی قارچ و تغییر نفوذپذیری آن می‌شود که می‌تواند به از دست دادن اجزا ضروری داخل سلول منجر شود. همچنین دارو بیوسنتز تری گلیسرید و فسفولیپیدهای قارچ را مهار می‌نماید. به علاوه با مهار فعالیت آنزیم‌های اکسداتیو و پراکسیداتیو باعث افزایش غلظت داخل سلولی پراکسید هیدروژن تا حد سمی می‌شود که این امر ممکن است به مرگ سلول کمک نماید. این دارو تبدیل بلاستوسپورها را به شکل میسلی مهاجم در کاندیدا آلبیکنس متوقف می‌کند.

مقادیر جزئی مایکونازول پس از استعمال داخل مهبل، به طر سیستمیک جذب می‌شود.